Round 1
| Position | BIB | Name | Team | Echelon | Mark | 
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2388 | David Pinto |  CSM | SUB-16 | 02:57.97 (684) | 
| 2 | 2470 | Jonas António |  AJS | SUB-16 | 02:59.79 (666) | 
| 3 | 2072 | Miguel Brito |  AJS | SUB-16 | 03:22.94 (457) | 
| 4 | 2399 | Tiago Henriques |  AJS | SUB-16 | 03:24.31 (446) | 
| 5 | 2578 | Luciano D. Abreu |  AJS | SUB-16 | 03:25.38 (437) | 
| 6 | 3575 | Mattias Ferreira |  CSM | SUB-16 | 03:28.39 (413) | 
| 7 | 2071 | Carlos Abreu |  AJS | SUB-16 | 03:31.28 (391) | 
| 8 | 1952 | Dinis A. Freitas |  ADRAP | SUB-16 | 03:31.72 (387) | 
| 9 | 2061 | Rodrigo Teixeira |  ADRAP | SUB-16 | 03:33.37 (375) | 
| 10 | 3408 | Rodrigo Serrão |  CSM | SUB-16 | 03:35.39 (360) | 
| 11 | 1447 | João Paulo Figueira |  GDE | SUB-16 | 03:39.51 (330) | 
| 12 | 1674 | Tiago Freitas |  AJS | SUB-16 | 03:43.07 (305) | 
| 13 | 1510 | Lucas Ferreira |  GDE | SUB-16 | 03:44.03 (298) | 
| DNF | 2297 | Lucas Freitas |  ADRAP | SUB-16 | x |